一些益生菌治療，可當做假膜性大腸炎的輔助治療法。不論在成人或小孩，益生菌均可對抗抗生素相關的腹瀉。但是否影響艱難梭菌速率的效應，證據仍是不足夠。而對於免疫系統有缺陷者，或是腸道屏障�ㄝz者，補充益生菌時要慎重。 少數學術機構曾經成功的以糞便灌腸，治療假膜性大腸炎。糞便細菌治療法，為使用健康捐贈者的糞便，再提供使病患得到正常細菌，恢復大腸體內平衡，成功的治療假膜性大腸炎。但是這種治療法應保留給嚴重再發性感染的病患，且已被證實在其他抗菌方式無法治癒的病例，才可以得到良好的結果。
假設vancomycin等藥物無法控制患者的感染，或是患者出現毒性巨結腸症、結腸破裂穿孔、腹膜炎時，可能需要手術治療切除結腸，來治療假膜性大腸炎。
有些醫師質疑假膜性大腸炎是不是季節性的疾病？答案應該是肯定的。可能在季節轉換時，呼吸道感染增加，導致抗生素的使用增加所造成。
也有些醫師質疑腸蠕動減慢是否誘發假膜性大腸炎的因子，答案應該也是肯定的。一些慢性病或安養機構常爆發假膜性大腸炎，可能和其中成員常有排便障礙，加上艱難梭菌的毒素B（細胞毒素）是一種會改變腸蠕動的因子，使得毒素和大腸黏膜接觸時間加長，更易形成假膜性大腸炎。
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